Παρέμβαση στο θέμα της ανταλλαγής εκτάσεων μεταξύ του Δημοσίου και της Μονής Βατοπεδίου πραγματοποίησε ο εισαγγελέας του Αρείου Πάγου Γιώργος Σανιδάς ο οποίος ζήτησε να ανασυρθεί από το Αρχείο η σχετική δικογραφία και να διενεργηθεί έρευνα από την Εισαγγελία Εφετών της Αθήνας.

Η έρευνα ανετέθη στους εισαγγελείς Εφετών Ελένη Σωτηροπούλου και Ηλία Κολιούση οι οποίοι κατ’ εντολη του κ. Σανιδά καλούνται να εξακριβώσουν εάν έχουν τελεστεί αξιόποινες πράξεις , όπως για παράδειγμα απάτη σε βάρος του Δημοσίου.

Αισθηση ωστόσο προκαλεί το γεγονός οτι ο εισαγγελέας του ανωτάτου δικαστηρίου, «εξαιρεί» πλαγίως τους υπουργούς που χειρίστηκαν το θέμα την περίοδο 1998-2008 λέγοντας ότι «παραπλανήθησαν» από τα μέλη του Γνωμοδοτικού Συμβουλίου.

Σύμφωνα με την παραγγελία του κ. Σανιδά «τα μέλη του Γνωμοδοτικού Συμβουλίου με τις γνωμοδοτήσεις με τις οποίες εδέχθησαν οτι η Μονή Βατοπεδίου έχει κυριότητα επί της λίμνης Βιστωνίδας, της εντός αυτής νησίδας Μπορού και επί παραλιμνίων εκτάσεων χιλιάδων στρεμμάτων, έβλαψαν τα συμφέροντα του Δημοσίου, ενόψει της αποδοχής των γνωμοδοτήσεων αυτών από τους υπουργούς και εν τέλει ενόψει της, μετα τη γνωμοδότηση του Δ’ τμήματος του νομικού Συμβουλίου του Κράτους και την αποδοχή αυτής από τους αρμόδιους υπουργούς ανταλλαγής των εκτάσεων αυτών με άλλες εκτάσεις του Δημοσίου».