Οι πιο αποδοτικές τεχνολογίες ΑΠΕ είναι και οι πιο αδικημένες από όλο το σύστημα αδειοδότησης, χρηματοδότησης και κυρίως οικονομικής απόδοσης στην Ελλάδα.

Από τα περισσότερο ολοκληρωμένα στοιχεία για την παραγωγή ΑΠΕ, τα οποία δημοσιοποιεί ο Λειτουργός της Αγοράς Ηλεκτρισμού, προκύπτει ότι η τεχνολογία με τον υψηλότερο συντελεστή φόρτισης, δηλαδή με τη μεγαλύτερη παραγωγή ηλεκτρικής ενέργειας ανά εγκατεστημένο κιλοβάτ σε διάστημα ενός μήνα, είναι αυτή των μικρών υδροηλεκτρικών με 78,2%.

Ακολουθούν οι τεχνολογίες βιοαερίου-βιομάζας με 59,5%, τα αιολικά με 36,47% και τελευταία τα φωτοβολταϊκά με 14%.

Επιπλέον, από τα στοιχεία αυτά προκύπτει ότι οι μονάδες βιοαερίου και βιομάζας έχουν πολύ σταθερό ρυθμό παραγωγής, καθώς οι συντελεστές φόρτισης κυμαίνονται μεταξύ 50% και 59%, ακολουθούν τα μικρά υδροηλεκτρικά με συντελεστές 51-78%, τα αιολικά με 27,4-37,5%, ενώ στα φωτοβολταϊκά τους χειμερινούς μήνες η φόρτισή πέφτει στο 8,7% (Φεβρουάριος). Τον Μάρτιο έφτασε το 14%.

Οι διακυμάνσεις στην παραγωγή μέσα σε μεγαλύτερα χρονικά διαστήματα και κυρίως οι έντονες διακυμάνσεις μέσα στο 24ωρο είναι αυτές που προκαλούν προβλήματα στην ευστάθεια του δικτύου, αφού για παράδειγμα μία παροδική συννεφιά ρίχνει απότομα την παραγωγή από τα φωτοβολταϊκά και την ισχύ τους θα πρέπει σε ελάχιστο χρόνο να την αναλάβει συμβατική μονάδα.

Έτσι, κανονικά οι τεχνολογίες με σταθερή απόδοση όπως τα μικρά υδροηλεκτρικά ή άλλα συστήματα με σχετικά υψηλό συντελεστή φόρτισης θα έπρεπε να ευνοούνται.

Ωστόσο, όπως προκύπτει από τα απολογιστικά στοιχεία Μαρτίου, η πληρωμή των αιολικών έγινε με 9,13 λεπτά η κιλοβατώρα, των μικρών υδροηλεκτρικών με 9 λεπτά, της βιομάζας με 10,4 λεπτά, των φωτοβολταϊκών με 40 λεπτά και των μικρών φωτοβολταϊκών με 54,9 λεπτά. Βέβαια, τα ποσά αυτά δεν είναι καθαρά, καθώς στα αιολικά και στα μικρά υδροηλεκτρικά έχει επιβληθεί εισφορά 10%, ενώ επιβαρύνθηκαν και φωτοβολταϊκά, με εξαίρεση τα οικιακά κάτω των 10 κιλοβάτ.

Δηλαδή, υπό κανονικές συνθήκες και εφόσον η τιμή χονδρικής (Οριακή Τιμή Συστήματος) διαμορφωνόταν φυσιολογικά και όχι τεχνητά, σε χαμηλά επίπεδα, τα αιολικά, τα μικρά υδροηλεκτρικά και η βιομάζα θα προσέφεραν ηλεκτρική ενέργεια με τιμές αγοράς, δεν θα επιβάρυναν τον λογαριασμό ΑΠΕ και αντιθέτως θα τον πίστωναν για τις ώρες όπου η οριακή τιμή βρισκόταν πάνω από τα 9 λεπτά η κιλοβατώρα.

Τέλος, η επιπλέον αδικία που υφίστανται οι τεχνολογίες ΑΠΕ με υψηλή απόδοση είναι οι τεράστιες δυσκολίες στην αδειοδότηση και στην κατασκευή.

Ειδικά δε για τα αιολικά που απαιτούν υψηλά κεφάλαια, οι προοπτικές είναι ακόμη δυσκολότερες λόγω της έλλειψης ρευστότητας στην αγορά και του υψηλού ρίσκου με το οποίο συνεχίζουν να αξιολογούν οι τράπεζες την Ελλάδα, κυρίως εξαιτίας της θεσμικής αβεβαιότητας για τις ΑΠΕ και των επιπτώσεων που έχει αυτή στην απόδοση των επενδύσεων.

Έτσι, ενώ μέσα στο τρίμηνο του 2013 προστέθηκαν περίπου 500 μεγαβάτ φωτοβολταϊκά, στα αιολικά προστέθηκαν μόλις 30 μεγαβάτ, 0 στα μικρά υδροηλεκτρικά και λιγότερο από 1 μεγαβάτ στη βιομάζα.