Οι πωλήσεις της Aegean για το 2009 ανήλθαν σε €622,7εκ., παρουσιάζοντας ετήσια αύξηση 2%. Τα καθαρά κέρδη μετά από φόρους ανήλθαν σε €23εκ. από €29,5εκ. το 2008 σημειώνοντας μείωση 22%. 
 
Τα λειτουργικά κέρδη προ φόρων, τόκων, αποσβέσεων και εξόδων μίσθωσης αεροσκαφών (EBITDAR) υποχώρησαν 6% στα €95,9εκ.

Η Aegean κατέγραψε οριακή αύξηση εσόδων, στο σύνολο του έτους, παρά τις δυσχερείς οικονομικές συνθήκες, γεγονός που οφείλεται στην σημαντική ανάπτυξη του δικτύου εξωτερικού που υλοποιήθηκε. Συγκεκριμένα, το πρόγραμμα δρομολογίων εξωτερικού ενισχύθηκε με την προσθήκη πτήσεων από Αθήνα προς Παρίσι, Ντίσελντορφ, Βρυξέλλες, Βερολίνο, Βαρκελώνη, Βενετία, Κωνσταντινούπολη, Βιέννη και Μαδρίτη.

Το 2009 η Aegean μετέφερε 6,6 εκατ. επιβάτες, καταγράφοντας ετήσια αύξηση 10% στο σύνολο του δικτύου της. Στο δίκτυο εσωτερικού η Aegean μετέφερε 3,8 εκ. επιβάτες, σημειώνοντας αύξηση 2% σε σχέση με το 2008 ενώ στο δίκτυο εξωτερικού κατέγραψε αύξηση ύψους 22%, μεταφέροντας 2,8 εκ. επιβάτες.

Η κερδοφορία της εταιρίας επηρεάστηκε αρνητικά από την οικονομική κρίση διεθνώς και ιδιαίτερα το τελευταίο τετράμηνο του έτους από το επιδεινούμενο οικονομικό περιβάλλον στην Ελλάδα.

Η αύξηση της παρεχόμενης χωρητικότητας από ανταγωνιστές τοπικά αλλά και σε διεθνές επίπεδο σε συνδυασμό με την αδύναμη καταναλωτική συμπεριφορά και την κάμψη της ζήτησης, οδήγησαν σε περαιτέρω πιέσεις στη μέση τιμή των ναύλων, επιδρώντας αρνητικά στην κερδοφορία της εταιρίας, η οποία κατά το τελευταίο τετράμηνο του έτους παρουσίασε αρνητικό αποτέλεσμα. Οι πιέσεις αυτές, εν μέρει μόνο αντισταθμίστηκαν από τις ωφέλειες που προήλθαν λόγω της ανανέωσης του στόλου της εταιρίας.

Ο κ. Δημήτρης Γερογιάννης, Διευθύνων Σύμβουλος, σχολιάζοντας τα αποτελέσματα ανέφερε σχετικά:
«To 2009, η εταιρία μας υλοποίησε σημαντικές επενδύσεις τόσο σε ότι αφορά την ανανέωση του στόλου με την παραλαβή 8 νέων αεροσκαφών Airbus A320 όσο και την επέκταση του δικτύου μας. Η λειτουργική κερδοφορία περιορίστηκε σημαντικά αλλά κρατήθηκε σε θετικό επίπεδο σε μία Ευρώπη όπου ελάχιστες εταιρίες παρουσίασαν θετικό αποτέλεσμα. Οι συνθήκες όμως που έχουμε να αντιμετωπίσουμε το 2010 είναι ακόμα δυσμενέστερες με την αγορά να υφίσταται τις συνέπειες της αρνητικής καταναλωτικής ψυχολογίας και της επιδεινούμενης οικονομικής συγκυρίας στην Ελλάδα. Σε αυτό το δύσκολο και ασταθές οικονομικό περιβάλλον οι στόχοι μας διαμορφώνονται με γνώμονα τις μακροπρόθεσμες προοπτικές της εταιρίας και επικεντρώνονται α) στην αποτελεσματική διαχείριση του κόστους, β) στην ενίσχυση των υπηρεσιών και των προσφορών προς τους καταναλωτές και γ) στη σύναψη και υλοποίηση όλων των αναγκαίων διεθνών και τοπικών συμμαχιών.

Την 22.02.10 οι βασικοί μέτοχοι της AEGEAN και της Marfin Investment Group συμφώνησαν την έναρξη των διαδικασιών που θα οδηγήσουν στην εξαγορά των τριών εταιριών του νέου ομίλου της Ο.Α. από την Aegean, την ταυτόχρονη είσοδο της MIG με αύξηση μετοχικού κεφαλαίου στην Aegean, και κατόπιν την τελική συγχώνευση του πτητικού έργου της AEGEAN με την Οlympic Air. Η υλοποίηση αυτής της συμφωνίας, η οποία απαιτεί αρκετά στάδια και ενέργειες και τελεί υπό την αίρεση της παροχής της εγκρίσεως των αρμοδίων αρχών, αναμένεται να ολοκληρωθεί το 2011.