Όσες επιχειρήσεις πλήρωσαν επιπλέον φόρους εισοδήματος και ΦΠΑ στο πλαίσιο της ρύθμισης του Ν. 3888/2010 για να περαιώσουν τη χρήση του 2009, αλλά είχαν πιστωτικό υπόλοιπο ΦΠΑ μεγαλύτερο των 5.000 ευρώ, δεν έχουν περαιώσει τη χρήση του 2009, σύμφωνα με εγκύκλιο του υπουργείου Οικονομικών.

Πρακτικά, δηλαδή, η χρήση του 2009 παραμένει ανέλεγκτη και σε περίπτωση υποβολής ειδικού σημειώματος αυτοελέγχου ΦΠΑ για τη χρήση του 2010 οι επιχειρήσεις θα πρέπει να καταβάλουν μαζί με τον ΦΠΑ αυτοελέγχου και επιπλέον ποσό ίσο με το πιστωτικό υπόλοιπο του 2009.

Το ποσό του πιστωτικού υπολοίπου ΦΠΑ της χρήσης του 2009 εξακολουθεί να υπόκειται σε έλεγχο και δεν είναι δυνατόν να ληφθεί υπόψη για συμψηφισμό κατά την εκκαθάριση του φόρου της χρήσης του 2010, στο πλαίσιο του αυτοελέγχου.

Οι επιχειρήσεις, με λίγα λόγια, θα πληρώσουν μαζί με τον ΦΠΑ αυτοελέγχου για τη χρήση του 2010 και επιπλέον ποσό μεγαλύτερο των 5.000 ευρώ και ίσο με το πιστωτικό υπόλοιπο του 2009!

Στην εγκύκλιο επισημαίνεται ακόμα ότι "οι ανωτέρω περιπτώσεις θα πρέπει να ελέγχονται κατά προτεραιότητα από τις αρμόδιες υπηρεσίες, έτσι ώστε να μην προκύπτουν θέματα παραγραφής του δικαιώματος των υποκείμενων στον φόρο για επιστροφή του πιστωτικού τους υπολοίπου, καθώς και ότι οι υποκείμενοι δικαιούνται να απαιτούν τα ποσά αυτά".

Διευκρινίζεται επίσης ότι στην περίπτωση όπου η χρήση του 2009 δεν θεωρείται ανέλεγκτη σύμφωνα με τα παραπάνω (δηλαδή έχει περαιωθεί με οποιονδήποτε τρόπο, δεν ανήκει στο δείγμα επανελέγχου και έχει πιστωτικό υπόλοιπο ΦΠΑ μικρότερο των 5.000 ευρώ) και υφίσταται δικαίωμα συμψηφισμού του πιστωτικού υπολοίπου ΦΠΑ, θα αναγράφεται στο τέλος του "Ειδικού Σημειώματος Αυτοελέγχου ΦΠΑ" στις Σημειώσεις φορολογουμένου η ένδειξη "χρήση 2009 - ελεγμένη τακτικός έλεγχος", ή "χρήση 2009 - υπαχθείσα στις διατάξεις των άρθρων 13-17 του Ν. 3296/2004", ή "χρήση 2009 - περαιωμένη με τις διατάξεις των άρθρων 1-13 του Ν. 3888/2010".